Un control de calidad más
estricto en las bases de datos de secuencias
Éstos hallazgos pudieran contribuir a la implementación
de un más estricto control de calidad dentro de las bases de datos de
nucleótidos, así como el desarrollo de analistas profesionales de artefactos
moleculares y experimentos relacionados, aparte de la ingeniería racional de
fármacos y proteínas. Primeramente hemos de domar, mediante su uso controlado,
a dichos linkers palindrómicos.
Entonces, el uso del control de calidad de secuencias (para detectar artefactos
moleculares) pudiera ser exitoso. Actualizaciones mejoradas pudieran llevarse a
cabo en el diseño de los microarreglos de Affymetrix,
v.gr., mediante la remoción del linker palindrómico de secuencias
humanas tales como AA557228, AA113291, AI798671, AA864645, AA780435, W90032,
AA810599, T52176, AA976510, AI380906, AA535275, AI792166, T67559, L04270,
U83598, D59474, T03148, T54342, D59674, D59787, D80164, H90908, N80129, C14426,
D59619, D80240, T56800, C14298, W72424, IR1056496, T69555, D80337, C14227,
C14407, C14344, D80210, etcétera.
Posible uso de palíndromas y
heterotranscritos para sanar enfermedades hereditarias
Otra posibilidad es el uso de palíndromas para el
ensamblaje de dos genes diferentes (módulos genéticos) para la ingeniería de
proteínas terapéuticas, v.gr., para
el desarrollo de tratamientos antiobesidad que pudieran ser personalizados y
prescritos de acuerdo con el metabolismo particular de cada persona (21).
Vectores artificiales para
la terapia génica pudieran producir heterotranscripción
Es posible que linkers
palindrómicos semejantes a los que se reportan en éste artículo, u otros linkers, pudieran ser producidos por
vectores artificiales usados en terapia genética. Si éste es el caso, pudiera
esperarse un efecto colateral inadvertido en humanos. A la fecha, éstos linkers siguen presentes en miles de
secuencias artificiales que son mandadas al Genbank
cual alegóricas de cosas que pudieran prevenirse en la terapia génica humana.
Éste artículo se ha escrito para alertar a la comunidad
científica de la presencia de éstos miles de hetero-transcritos artificiales
debidos a metodologías actuales que producen dichas secuencias reportadas al Genbank, así como el chequeo de los
vectores usados en terapia génica.
Heterotranscritos publicados y
enviados al Genbank siguen en espera
de su corrección
Analizando las secuencias presentadas como mRNAs
quiméricos en Tabla 4, referencia (22), encontré el linker palindrómico relacionado con EcoR1 dentro de la secuencia AY029161 (16), previamente mostrada.
En dicha secuencia se encuentra un fragmento para el LPTL, putativo supresor de
tumor humano, AF418553, originado en el cromosoma 8, ligado a un fragmento para
la fosfohistidina fosfatasa PHP14, NM_014172, originado en el cromosoma humano
9.
Hasta el momento de publicar este artículo, ninguna de
las secuencias aquí presentadas ha sido corregida en el Genbank. ¿Pudiera ésto deberse a que hasta la fecha no se ha
determinado que dichas secuencias son productos artificiales?
Otra secuencia en referencia (22) conteniendo al linker palindrómico EcoR1 era la secuencia BC000519, ya identificada como artefacto y
finalmente removida del Genbank.
La posible
remoción del linker palindrómico
semejante al transposón parece llevarse a cabo en otras quimeras
Esperando su corrección se tiene a miles de secuencias
semejantes a las que se presentan en el Cuadro 2 (7). Secuencias tales como la
AF176705 para la proteína F-box FBX10 humana (23), y la Z28355 del atrium de corazón (24), conteniendo
ambas fragmentos del vector y del linker.
Otra secuencia, HTCBYB08, contiene únicamente fragmentos del vector, careciendo
del linker. Experimentos se
realizaron también con dichas secuencias que carecen de evidencia alguna del linker palindrómico sin obtener
productos amplificados mediante RT-PCRs (resultados
no publicados). Ambas secuencias Z28355 y HTCBYB08 exhiben trazas del mismo
vector de clonación, vector de la secuencia X52324 (ARBLSKM), que es el vector pBluescript SK(-)(25-27). Una auto-remoción
del tipo transposón del linker
palindrómico pudiera ser una forma en la que muchos heterotranscritos carecen
de linker alguno, como en la
secuencia HTCBYB08. Ésta hipótesis también necesita ser experimentalmente
evaluada. Si éste resultara ser el caso, los linkers palindrómicos pudieran ser usados para la posible reversión
artificial de mutaciones in vivo
(28).
Por otro lado, heterotranscritos carentes del linker y presentes en los microarreglos
de Affymetrix pudieran mostrar dos
diferentes perfiles de expresión, por ejemplo, una expresión nula por uno de
sus lados, con una contrastante alta expresión por el otro lado (datos no mostrados). Un patrón similar
se presenta cuando los intrones no-expresados se incluyen en sondas de Affymetrix lado a lado con las
secuencias expresadas por los exones, como se ve en la Figura 1 de la
referencia (2).
Comentario Final
El palíndroma clave de éste artículo se ha presentado en
referencia (2) CTCGTGCCGAATTCGGCACGAG
y ha sido reportado en otros trabajos (2, 3, 11, 29).
AGRADECIMIENTO
Tracy Lynn Duncan ayudó a preparar esta revisión y me
soportó durante los últimos tres años.
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