CONCLUSIONES Y PERSPECTIVAS

 

Un control de calidad más estricto en las bases de datos de secuencias

 

Éstos hallazgos pudieran contribuir a la implementación de un más estricto control de calidad dentro de las bases de datos de nucleótidos, así como el desarrollo de analistas profesionales de artefactos moleculares y experimentos relacionados, aparte de la ingeniería racional de fármacos y proteínas. Primeramente hemos de domar, mediante su uso controlado, a dichos linkers palindrómicos. Entonces, el uso del control de calidad de secuencias (para detectar artefactos moleculares) pudiera ser exitoso. Actualizaciones mejoradas pudieran llevarse a cabo en el diseño de los microarreglos de Affymetrix, v.gr., mediante la remoción del linker palindrómico de secuencias humanas tales como AA557228, AA113291, AI798671, AA864645, AA780435, W90032, AA810599, T52176, AA976510, AI380906, AA535275, AI792166, T67559, L04270, U83598, D59474, T03148, T54342, D59674, D59787, D80164, H90908, N80129, C14426, D59619, D80240, T56800, C14298, W72424, IR1056496, T69555, D80337, C14227, C14407, C14344, D80210, etcétera.

 

Posible uso de palíndromas y heterotranscritos para sanar enfermedades hereditarias

 

Otra posibilidad es el uso de palíndromas para el ensamblaje de dos genes diferentes (módulos genéticos) para la ingeniería de proteínas terapéuticas, v.gr., para el desarrollo de tratamientos antiobesidad que pudieran ser personalizados y prescritos de acuerdo con el metabolismo particular de cada persona (21).

 

Vectores artificiales para la terapia génica pudieran producir heterotranscripción

 

Es posible que linkers palindrómicos semejantes a los que se reportan en éste artículo, u otros linkers, pudieran ser producidos por vectores artificiales usados en terapia genética. Si éste es el caso, pudiera esperarse un efecto colateral inadvertido en humanos. A la fecha, éstos linkers siguen presentes en miles de secuencias artificiales que son mandadas al Genbank cual alegóricas de cosas que pudieran prevenirse en la terapia génica humana.

 

Éste artículo se ha escrito para alertar a la comunidad científica de la presencia de éstos miles de hetero-transcritos artificiales debidos a metodologías actuales que producen dichas secuencias reportadas al Genbank, así como el chequeo de los vectores usados en terapia génica.

 

Heterotranscritos publicados y enviados al Genbank siguen en espera de su corrección

 

Analizando las secuencias presentadas como mRNAs quiméricos en Tabla 4, referencia (22), encontré el linker palindrómico relacionado con EcoR1 dentro de la secuencia AY029161 (16), previamente mostrada. En dicha secuencia se encuentra un fragmento para el LPTL, putativo supresor de tumor humano, AF418553, originado en el cromosoma 8, ligado a un fragmento para la fosfohistidina fosfatasa PHP14, NM_014172, originado en el cromosoma humano 9.

 

Hasta el momento de publicar este artículo, ninguna de las secuencias aquí presentadas ha sido corregida en el Genbank. ¿Pudiera ésto deberse a que hasta la fecha no se ha determinado que dichas secuencias son productos artificiales?

 

Otra secuencia en referencia (22) conteniendo al linker palindrómico EcoR1 era la secuencia BC000519, ya identificada como artefacto y finalmente removida del Genbank.

 

La posible remoción del linker palindrómico semejante al transposón parece llevarse a cabo en otras quimeras

 

Esperando su corrección se tiene a miles de secuencias semejantes a las que se presentan en el Cuadro 2 (7). Secuencias tales como la AF176705 para la proteína F-box FBX10 humana (23), y la Z28355 del atrium de corazón (24), conteniendo ambas fragmentos del vector y del linker. Otra secuencia, HTCBYB08, contiene únicamente fragmentos del vector, careciendo del linker. Experimentos se realizaron también con dichas secuencias que carecen de evidencia alguna del linker palindrómico sin obtener productos amplificados mediante RT-PCRs (resultados no publicados). Ambas secuencias Z28355 y HTCBYB08 exhiben trazas del mismo vector de clonación, vector de la secuencia X52324 (ARBLSKM), que es el vector pBluescript SK(-)(25-27). Una auto-remoción del tipo transposón del linker palindrómico pudiera ser una forma en la que muchos heterotranscritos carecen de linker alguno, como en la secuencia HTCBYB08. Ésta hipótesis también necesita ser experimentalmente evaluada. Si éste resultara ser el caso, los linkers palindrómicos pudieran ser usados para la posible reversión artificial de mutaciones in vivo (28).

 

Por otro lado, heterotranscritos carentes del linker y presentes en los microarreglos de Affymetrix pudieran mostrar dos diferentes perfiles de expresión, por ejemplo, una expresión nula por uno de sus lados, con una contrastante alta expresión por el otro lado (datos no mostrados). Un patrón similar se presenta cuando los intrones no-expresados se incluyen en sondas de Affymetrix lado a lado con las secuencias expresadas por los exones, como se ve en la Figura 1 de la referencia (2). 

 

Comentario Final

 

El palíndroma clave de éste artículo se ha presentado en referencia (2) CTCGTGCCGAATTCGGCACGAG y ha sido reportado en otros trabajos (2, 3, 11, 29).

 

AGRADECIMIENTO

 

Tracy Lynn Duncan ayudó a preparar esta revisión y me soportó durante los últimos tres años.

 

REFERENCIAS

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Notas:

El PDF de éste trabajo en inglés ‘Palindromati’ se puede descargar de:

http://www.iscid.org/boards/ubb-get_topic-f-6-t-000582.html